В АО «НЦНТИ» помимо основополагающих департаментов: Департамент финансово-экономического планирования, Департамент правовой и кадровой работы, Административный департамент, которые контролируют деятельность Центра, существуют непосредственно и производственные Департаменты:  

• Департамент формирования информационных ресурсов; 
• Департамент стратегического развития; 
• Департамент аналитики и прогнозирования; 
• Департамент научно-технической экспертизы; 
• Департамент информационных технологий; 
• Департамент международного сотрудничества и службы связи с общественностью;